La presidenta del CNE, Diana Atamaint, afirmó el 30 de octubre de 2025 que Daniel Noboa debía pedir licencia para hacer campaña por la consulta popular. Explicó que la ley impidió a los servidores públicos inducir al voto mientras cumplían funciones. Señaló que esa regla aplicó para todos, incluido el mandatario. Aclaró que, por ser proponente de las preguntas, Noboa tuvo derecho a participar en el proceso. Puntualizó que ese derecho estuvo condicionado por la Ley Electoral. Añadió que el Presidente decidiría cuándo y cómo solicitar la licencia. Comentó que hasta ese jueves el CNE no recibió pedidos de licencia de funcionarios interesados en la campaña. Indicó que asambleístas y otros servidores debían seguir el mismo trámite si promovían una postura.

Recordó que el proceso incluyó consulta popular y referendo. Enfatizó que las actividades proselitistas desde el cargo podían interpretarse como inducción al voto. La intervención ocurrió durante declaraciones a la prensa. La jornada dejó una fotografía del Presidente posando con jóvenes en Cuenca junto a Roberto Luque y Harold Burbano. El antecedente de las elecciones anteriores volvió a escena por el debate sobre licencias. En esa ocasión, críticos reclamaron que Noboa no pidió licencia frente a la contienda contra Luisa González. El Código de la Democracia estableció licencia sin remuneración para dignatarios que buscaran reelección inmediata.

El Gobierno alegó que entre noviembre de 2023 y abril de 2024 Noboa completó el periodo de Guillermo Lasso. Sus detractores sostuvieron que aquello sí constituyó una reelección. Ese proceso cerró sin pronunciamiento de fondo del CNE. Observadores internacionales pidieron una normativa clara para evitar confusiones futuras. Con ese telón de fondo, Atamaint planteó que la campaña por la consulta requería que Noboa se apartara temporalmente del despacho.