El congreso de la CONAIE se desarrolló el 19 de julio de 2025 en Conocoto, al este de Quito, donde se tomó una medida radical. Cecilia Baltazar, Carmen Tiupul, Manuel Choro, Fernando Nantipia, José Luis Nango y Edmundo Cerda fueron expulsados por su apoyo al bloque del Gobierno. Estos legisladores, que forman parte de Pachakutik, votaron junto a Acción Democrática Nacional (ADN) en la aprobación de la Ley de Solidaridad Nacional. La ley obtuvo 84 votos y ellos fueron parte de ese respaldo. La decisión se tomó por unanimidad al calificarse sus actos como traición al movimiento. También se consideró sancionarlos con una amonestación, pero finalmente optaron por la expulsión directa. Desde mayo, el bloque de Pachakutik mostró fisuras, cuando estos seis votaron a favor de la presidencia de Niels Olsen en la Asamblea. Además del caso de los expulsados, en el congreso se pidió analizar el desempeño de Guillermo Churuchumbi. Churuchumbi, coordinador del bloque, fue señalado por impulsar la alianza con correísmo junto a Leonidas Iza. Esa alianza respaldó a Luisa González en la segunda vuelta presidencial. La decisión de expulsión refuerza la autonomía de la CONAIE frente a decisiones legislativas. Así, la organización busca proteger su coherencia política ante apoyos al Gobierno. El congreso se prolongó durante la jornada para analizar otros puntos internos del movimiento. Este hecho marca un nuevo capítulo en la dinámica interna de Pachakutik y su relación con alianzas externas.