La Contraloría General del Estado realizó un exhaustivo análisis a la Casa de Montalvo, revelando múltiples irregularidades en su gestión durante el periodo 2018-2022. Las observaciones incluyen deficiencias en la asignación de perfiles para cargos jerárquicos, como los de Directores Académico y Administrativo–Financiero, cuyos cargos fueron asignados sin una base legal clara. Además, varios permisos de los empleados no estuvieron debidamente sustentados, y se detectaron certificados médicos no autorizados por el IESS.

Otro hallazgo grave fue el control deficiente de la asistencia de los empleados. Varios funcionarios acumularon retrasos en su jornada laboral, lo que generó un total de 767 dólares en horas no justificadas. Además, no se cumplieron las normativas internas de control de asistencia, y algunos empleados de alto nivel no estaban registrados en el sistema biométrico.

En cuanto a las operaciones financieras, la Contraloría observó que, a pesar de contar con un reglamento aprobado para la recaudación de ingresos del museo, se implementaron precios no autorizados, como el cobro de 2 dólares a los turistas extranjeros, sin revisión ni actualización.

Por otro lado, el inventario de libros y recuerdos no se gestionaba adecuadamente, ya que no se utilizaba el sistema de control de inventarios disponible. Un gasto cuestionable fue la compra de 2 mil libros por 5 mil 300 dólares, cuando la Casa de Montalvo dispone de imprenta propia. Además, la institución no tiene pólizas de seguro que cubran el patrimonio histórico y cultural, lo que pone en riesgo piezas importantes como el sarcófago de Pedro Fermín Cevallos, recientemente trasladado sin justificación documental.

La Contraloría también recomendó que los manuscritos originales de Juan Montalvo sean enlistados y validados por el Instituto Nacional de Patrimonio Cultural para asegurar su protección y registro en el Sistema de Información del Patrimonio Cultural del Ecuador (Sipce).