El presidente Daniel Noboa aseguró el 31 de octubre de 2025 que Baltra, en Galápagos, quedaba descartada para una base militar extranjera. El anuncio llegó en entrevista con Teleamazonas, a puertas del arranque de la campaña de la consulta popular y referéndum. Noboa afirmó que la prioridad estaba en Salinas o Manta por el tráfico de armas, combustibles y droga. Recalcó que en esos balnearios ya existían instalaciones militares que facilitarían activar operaciones de control marítimo. Agregó que esa opción resultaba más viable que levantar capacidades en otros puntos de la costa como Esmeraldas. El 16 de noviembre los ecuatorianos votarían una pregunta para eliminar la prohibición de bases o instalaciones con fines militares de fuerzas extranjeras.

Esa propuesta buscaba modificar parcialmente la Constitución con el anexo incluido en la papeleta. El mandatario expresó que su intención era involucrar a naciones y organizaciones en la conservación de Galápagos. Ese giro llegó tras críticas de opositores y ambientalistas por el posible impacto en la flora y fauna del archipiélago. Recordó que Estados Unidos ya tuvo una base en Baltra durante la Segunda Guerra Mundial. Ese antecedente estuvo ligado a la casi desaparición de la iguana amarilla en la isla, especie que desde hace décadas era objeto de programas de recuperación. Entre 1999 y 2009, militares estadounidenses operaron desde Manta en tareas antidrogas en el Pacífico Este Tropical. La salida ocurrió por la prohibición que contempló la Constitución aprobada en 2008 bajo el gobierno de Rafael Correa. Noboa comentó que este tema ya fue conversado con Kristi Noem, la secretaria de Seguridad Nacional de Estados Unidos, quien visitaría Ecuador la próxima semana por segunda vez en tres meses.

El jefe de Estado remarcó que, de ganar la opción afirmativa, luego vendría un periodo de conversaciones con distintos países. Indicó que cualquier acuerdo debía verse en función del beneficio mutuo. El presidente señaló además que existían diálogos con Brasil para explorar una base de policía amazónica. Esa alternativa se evaluaba para Sucumbíos y Orellana, provincias golpeadas por la minería ilegal. Noboa insistió en que Baltra quedaba fuera del mapa de opciones inmediatas. La discusión quedó centrada en Manta y Salinas, con la seguridad marítima como prioridad declarada.