Marlon Vargas fue electo como el nuevo presidente de la Conaie la noche del 20 de julio de 2025, luego de ganarle en las urnas a Leonidas Iza, el presidente saliente. El evento se realizó en la parroquia Conocoto, al suroriente de Quito, con la presencia de más de 1.400 votantes de todo el país. Unos 1.600 delegados indígenas de la Sierra, Amazonía y Costa asistieron a la jornada. La contienda estuvo marcada por la rivalidad entre Vargas, representante de la nacionalidad Achuar, e Iza, que buscaba quedarse un periodo más. Aunque hubo seis precandidatos, solo ellos dos llegaron al final de la competencia. Las mesas de votación abrieron a las 18:00 y cerraron a las 20:40. Para quienes estaban en el exterior, hubo nueve votos virtuales desde Estados Unidos. En total, se instalaron cinco mesas: dos para la Amazonía, dos para la Sierra y una para la Costa. Vargas se impuso en tres de las cinco mesas con amplias diferencias de votos. En la primera y segunda mesa, Vargas logró 185 y 144 votos, dejando atrás a Iza con 53 y 71. Iza ganó en las otras tres mesas, pero no pudo dar vuelta al resultado. El conteo final fue de 617 votos para Vargas. Al confirmarse la victoria, Vargas celebró con sus seguidores. El nuevo presidente prometió liderar desde los territorios y sin depender de partidos políticos. Ofreció fortalecer la educación intercultural bilingüe y la universidad Amawtay Wasi. También prometió defender los saberes ancestrales de las comunidades indígenas. Vargas aseguró que no será un dirigente alejado de la gente. “No voy a aparecer solo cuando hay cámaras”, dijo. La elección fue una de las más comentadas por la cantidad de votantes y la competencia. Ahora, las comunidades esperan cambios bajo la nueva dirigencia. Vargas se comprometió a una unidad real y a trabajar por las bases indígenas. La transición ya inició y los ojos están puestos en la gestión que tendrá Vargas.